労基法(違法残業)

労働関係の法律に詳しい人居ませんかー?
事情は知ってる人が居ると思いますが、しょっぱな労基署に行ってもしょうがないので。
資格報酬の会社の遅い対応には痺れをきらしました。運用が開始されている制度ならば、運用ルールがあるはずです。その回答に何日かかってるんですか。回答に時間がかかるのであれば、返答が遅れますという連絡を最初にするべきではないでしょうか。社会人として当然のマナーだと思いますが。運用ルールが定まっていないなら、その旨を返答するべきだと思います。

ちなみに、相談したいのは残業についてです。
簡単にまとめると、こんな感じです(就業規則は最後に抜粋)。
いちおう社名は伏せておきます。社外秘と明記されていないので抜粋は問題ないと踏んでます。
私が疑問に思っているのは、次の点です。

※うちの会社は年俸制ではありません。
●現在は深夜業務だろうが、休日出勤しようが特別に管理されているわけではなく、通常の勤務時間と同等に扱われている。これは就業規則に反しているだけではなく、普通に違法ではないのか?
●システム手当は全員に支給しており、残業代は一切出ないようになっている。どんな規則をとっていようが、残業代を出さないことは違法ではないのか?
●3ヶ月連続で200、または6ヶ月平均で190時間を越える場合には、ボーナスに 超えた分を加算している。これは、労働時間が 300時間、150時間、150時間の場合には1円も出ないことになる。月に300時間労働をしても残業代が出ないのは法的にOKなのか?
●連続、または平均で超過しなければボーナスに加算されないので、453時間(151時間×3ヶ月)~600時間の間の労働、または906時間(151時間×6ヶ月)~1140時間(190時間×6ヶ月)の間の労働については賃金は支給されないことになるが、明らかに違法ではないのか?

----------就業規則抜粋----------
・1ヶ月の基準就労時間は151時間
[時間外勤務手当て]
・算定基礎額は 基本給 / 151時間
・時間外勤務手当は 算出基礎額×1.25
・休日勤務手当ては 算出基礎額×1.35
・深夜勤務手当て(22時~5時)は 算出基礎額×0.25
 (時間外勤務時間の中に深夜勤務時間を含むので0.25となる)
・管理職手当て、外勤手当て、システム手当ての支給者には時間外勤務手当ては支給しない
・管理職手当て、外勤手当て、システム手当ての支給対象でない者、
 9:00~17:30(フレックス勤務者は拘束8時間30分) を超える場合に支給する。
 (注)常駐先などの都合で、所定就労時間に満たない勤務体制をとる場合は、この満たない時間に超過分を充当する。

[諸手当について]
・管理職手当
・外勤手当
・システム手当

・管理職手当ては課長以上に支給
・管理職手当てを受ける者は、時間外出勤、休日出勤手当ては支給しない

・外勤手当は、営業業務などに従事する従業員のうち、主として外勤業務に従事するものに支給
・外勤手当てを受ける者は、特に指定した場合を除き時間外手当を支給しない

・システム手当は、コンサル、ソフ開、システム管理などに従事する者に支給
・システム手当の支給を受けるものには、特に指定した場合を除き時間外手当を支給しない
・システム手当ての支給額は一律35000円

[特別手当について]
ボーナスの対象期間において、
・200時間超過が3ヶ月以上続く場合は、超過時間に対して支給
 (200時間、200時間、201時間の場合→1時間×時間単価)
・1140時間超過の時間があった場合は、超過時間に対して支給
 (1141時間の場合→1時間×時間単価)

新しいサイトもよろしくお願いします!